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COORDONNEES


Chemoinformatique


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CONTACTS


Pascal BONNET  
Enseignant chercheur, Responsable de l'axe  

Tél : 02 38 41 72 54

 

 
   
Mail : pascal.bonnet@univ-orleans.fr  
MOTS-CLEFS


  • Chimiothèque
  • Modélisation moléculaire
  • Docking
  • Criblage virtuel
  • Quantitative structure activity relationship
THEMATIQUE


Concepts et outils pour l'utilisation optimisée de chimiothèques en Drug Design. Applications du docking et du QSAR à des projets dans ce domaine, dans le cadre de collaborations avec des chimistes de synthèse, des biologistes ou avec des entreprises pharmaceutiques.

Docking et criblage virtuel:
Des méthodes de modélisation moléculaire, dont le Docking, permettent d'isoler, à partir de larges chimiothèques, les quelques molécules les plus potentiellement actives. Ce protocole de Docking (FlexX, FlexX-Pharm dans notre laboratoire) nécessite la structure du récepteur étudié, obtenue par cristallographie X ou à partir de données RMN, duquel sera extrait le site actif.

Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR):
Ce protocole ne nécessite pas la structure de la cible mais la connaissance d'activité de molécules pour une cible donnée. A partir de ces valeurs numériques (pIC50 par exemple) et de descripteurs moléculaires 1D, 2D, 3D préalablement calculés (caractéristiques de chaque structure moléculaire), est générée une équation qui corrèle structure et activité. Cette équation, une fois validée, doit permettre de prédire l'activité de molécules inconnues pour le type de cible étudiée. Enfin, un consensus Docking/QSAR permet de combiner la puissance de ces deux techniques.

DOMAINES DE COMPETENCE


  • Chemoinformatique
APPLICATIONS


Outils développés par l'équipe: ScreeningAssistant - Base de données de structures -  Algorithmes de QSAR - DRCS

Modélisation moléculaire pour le drug design:
    - Ligand based ( pharmacophores, QSAR)
    - Receptor based ( Docking, VHTS)
Chimiothèques, espaces chimiques et diversité:
    - Screening assistant
    - Espace chimiques et biologiques
QSPR:
    - Applications aux phénomènes chromatographiques

SAVOIR-FAIRE


  • Gestion de chimiothèque pour le criblage virtuel
EQUIPEMENTS PARTICULIERS


Hardware:
10 PC PIV de 1,7 GHz à 3 GHz
Grappe de calcul de 8 ordinateurs biprocesseurs
(Intel Xeon dual-core ' 3,2GHz): 8 PC Athlon64 3800+ avec 2Go de RAM
1 Athlon64 3800+ avec 4Go de RAM sous Linux 64 bits
1 cluster 8 PC  ( 2 Intel Core I7 2.93GHz processors and 6GO DDR3 RAM (1,375GHz).

Software :
Logiciels commerciaux ou académiques :
        MOE (Chemical Computing Group Inc.)
        Sybyl (Tripos)
        Schrodinger
        Gaussian
        Dock
        Amber

SECTEURS D'APPLICATIONS


    SERVICES / PRESTATIONS


    Développement d'une plateforme de gestion de chimiothèque. Les données sont stockées grâce au système de gestion de bases de données MySQL et le langage de développement utilisé est le Java:
        - Identification des structures chimiques par un code unique permettant de supprimer efficacement les doublons
        - Possibilité d'extraire un sous-groupe de molécules suivant des critères de diversité chimique
        - Estimation des propriétés drug-like
        - Identification des molécules contenant des fonctions réactives (pouvant entraîner des faux positifs lors des tests biologiques)
        - Intégration d'un système de test QSAR